Le Comptoir propose un espace de soins approprié aux usagers de drogues, selon une méthodologie qui prend en compte les freins à l’accès aux soins. Il s'agit de développer l’accompagnement médical des usagers particulièrement marginalisés dans l’optique de réduire tant les dommages liés à l’usage de drogues que ceux liés aux modes de vie précaires.
Deux professionnels de l'équipe sont principalement chargés de remplir la mission: l'infirmier et le médecin, secondés par les éducateurs qui contribuent à informer les usagers sur l’offre de services, relayent les demandes vers les intervenants, gèrent l’espace d’accueil qui fait aussi office de salle d’attente et se chargent des inscriptions.
Concrètement, les usagers peuvent bénéficier, sans rendez-vous, de consultations médicales, de soins infirmiers quotidiens, des traitements nécessaires, du dépistage (sida et hépatites) d’un accompagnement lors des relais et d’informations spécifiques.